29 januari 2015 vm
De Mot
1. Geef een vergelijking tussen Sec en TAT transporter. (Hij wil hierbij weten hoe het signaalpeptide eruit ziet en wat het verschil is tussen SPase 1 en 2). Zijn type 1, 3, 5 transporters en Sortase sec-afhankelijk? (Type 5 en sortase wel, hij wil graag weten hoe sortase werkt)
2. schriftelijk: 5 termen die je in een halve pagina moet uitleggen: Hrp, flavanoïde, T-DNA, maltose transporter, tabtoxine
Michiels
1. Osmoregulatie, ook de buitenmembraanporiën
2. Schriftelijk: a) ijzerregulatie b) invasie van yersinia in de darm
31 januari 2013 vm
De Mot
1 Bespreek van agrobacterium-plant en rhizobia-plant interactie: plantfactoren voor de initiatie van de interactie en de genen die gereguleerd worden + factoren van de bacterie (flavonoiden, fenolen, Nod, Vir...)
2 Dsb systeem, P-type ATPasen, TRAP transporters, Sortase, ...
Michiels
1 Listerie interactie met darmepitheel+algemeen overzicht van verschillende systemen voor invasie en infectie
2 E coli respons op oxidatieve stress (ROS, Oxy, Sox) De Mot
- Kanalen spelen een belangrijke rol in osmoregulatie. Bespreek 2 verschillende kanalen die een rol spelen bij aanpassing aan een lagere osmotische druk.
- Bespreek (ca. 1/2 pagina) volgende begrippen uit plant-pathogeen context: virB, coronatine, nod factor, avr-gen, leghemoglobine, ? .
- Wat is het belang van type 3 en type 4 secretiesystemen bij fytopathogene micro-organismen. Waar worden deze structuren nog gebruikt? (type 3: flagellen, type 4: aanhechting tss micro-organismen of zoiets)
- Welke transporters gebruiken periplasmatische substraatbindingsproteïnen? Welke energiebron gebruiken zij? Welke andere functies hebben deze proteïnen?Opine/rhizopine concept verduidelijken in plant/bacterie-interacties
- Welke types transportsystemen worden door bacteriën gebruikt om toxische stoffen uit de cel te verwijderen? Welke Energiebron(nen) wordt hiervoor gebruikt? (MDR = MSF(pmf), RND(pmf), ABC(ATP); MATE en SMR kan je ook vermelden.
- Welk regelsysteem speelt een cruciale rol in de initiatie van : a) fytopathogenese door Agrobacterium b)nodulatie bij Rhizobium. Maak een vergelijking tussen deze regelsystemen met betrekking tot inducerende factoren en geactiveerde genen. Welke functies vervullen deze genen? (A: chemotaxis door fenolen, suikers, (lage pH) : Vir A en vir G ==> andere vir genen, R: chemotaxis door aldonzuren, flavonoiden, betaine : Nod R factor ==> andere nod genen )
- Welke kenmerken van Agrobacterium liggen aan de basis van de ontwikkeling van binaire vectorsystemen voor planttransformatie?
- geef fysiologische betekenis, voorkomen en werking van fosfotransferasesystemen
- Welke regulatorische mechanismen/regulons zijn betrokken bij a) de initiatie van infectie door Agrobacterium b) initiatie van symbiose van Rhizobium. Welke functies hebben deze elementen? Maak een vergelijking tussen deze 2.
- Maak een vergelijking (overeenkomsten, belangrijkste verschillen) tussen rhizobiële en mycorrhizale symbiose.
egrippen uit plant-pathogeen context:
· virB
· coronatine
· nod factor,
· avr-gen
· leghemoglobine
· Dsb-systeem
· Sortase
· auto-transport
· signaalpeptidase
· P-type ATPasen
· TRAP-systeem
· opines
· bacteriorhodopsin
· Usher
· flippase
· Hrp
· VirG
· Arbuscule
· HAC
· guard hypothese
· ongedetermineerde nodule
isopentyltransferase
Michiels
1. Hoe kunnen pathogenen interageren met het gastheer intestinaal epitheel? Bespreek de interactie van Yersinia en Listeria met gastheer (geen Type III secretie).
2. Bespreek de aanpassingen van E. coli aan lagere nutriënten beschikbaarheid (stationaire fase).
3. Uitputting van nutrienten zoals aminozuren leidt tot groeistop en het verminderen of stilleggen van eiwitsynthese. Wat is het globaal regulatorisch mechanisme dat deze overgang reguleert in E coli? Leg uit. ( ppGpp, L11, Rel A , rho S, SpoT, .. Maak er maar een verhaaltje van)
4. Leg uit hoe een micro-organisme zijn ribosomen en T-rna verandert als er minder nutrienten zijn
5. interactie tussen vibrio Fischeri en euprymna scolopes
6. Moleculaire basis keuze lytische/lysogene cyclus faag lambda
7. Systeem van chemotaxis
8. Op welke manier kan Type III secretie bijdragen tot de infectie van diercellen door pathogenen? Illustreer dit adhv. een uitgewerkt vb van 1 extracellulaire en 1 intracellulaire infectie. ( extracell : Yersinia (vermijdt fagocytose), E coli (TIR injectie); Intracell: Salmonella, Shigella)
9. Geef aan hoe de sporulatie van B.subtilis in tijd en ruimte word gereguleerd aan de hand van sigmafactoren en sleuteleiwitten.
10. Geef de zuurteresistentiemechanismen van E.coli in de maag
11. Bacterie groeit op glucose en arabinose medium. Geef de regeulatie van beide mechanismen en verband.
12. Wat is de respons bij E.coli op een plotse temperatuurstijging?
13. Bespreek de regeling van de activiteit van de verschillende sigmafactoren in de tijd bij sporevorming.
14. Beschrijf alle verschillende mechanismen hoe bacteriën kunnen reageren met de darmwand (en dat zijn er een heleboel... tipje: altijd goed weten welke bacterie welk mechanisme heeft)
15. Hoe kan een bacterie de zure omgeving van de maag overleven?