BIOS Wiki
Registreer
Advertisement


6 januari 2021[]

  1. Bespreek de parameters die de betrouwbaarheid van PCR kunnen verlagen in de context van mutagenese. (geen paginalimiet)
  2. Bespreek de aanmaak van cosmide-banken (dus echt het hele proces vanaf DNA-isolatie tot aan cosmide-bank).
  3. [Gegeven een X-M vector met verschillende sites zoals AOX-1, His, ColE1, ...] Leg alle componenten van de vector uit en waarvoor ze dienen. Hoe zou je deze vector gebruiken? ('t is dus een shuttle vector want kan repliceren in bacteriën door die ColE1 en in gist door die His)
  4. Definities (1/3 pagina voor elk)
    • Taqman probe
    • Alkalische lysis voor opzuivering van plasmide-DNA
    • CAPture techniek
  5. Paeshuyse: je wilt het DARPin eiwit produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie, Kozaksequentie en restrictieherkenningssites zijn gegeven.
    • Welk systeem gebruik je? Beargumenteer.
    • Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.
    • Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 & EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Ga ook na of je primers optimaal zijn (dus primerlengte, GC-gehalte, geschatte Tm, secundaire structuren, repeats / runs, ...).
    • Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.

22 januari 2020[]

  1. Leg PET en pPIC expressiesystemen uit. Vergelijk ze en wat zijn de voor- en nadelen? Welke parameters zijn er nog belangrijk bij de recombinante expressie? (geen paginalimiet)
  2. Leg BAC vectoren in detail uit en hoe maak je een kloonbank aan de hand van deze vectoren. Hoe bereken je het minimum aantal klonen die nodig zijn om een representatieve genoombank te hebben met de formule van Carbon en Clarke, welke voorwaarden moeten hiervoor voldaan zijn? (1 pagina + eventueel achterkant)
  3. Geef de PCR parameters en PCR varianten die de specificiteit van PCR amplificatie verhogen. Leg telkens kort uit. (1 pagina + eventueel achterkant)
  4. Definities (1/3e pagina voor elk)
    • Leg gatewayclonering uit, werking en principe geven.
    • Transposonmutagenese uitleggen en hoe dit gescreend wordt?
    • Leg uit hoe men gisten chemisch transformeert en wat de benodigde commponenten zijn.
  5. paeshuyse: humaan interferon lambda wil je produceren in een eukaryoot systeem. RNA sequentie is gegeven.
    • Welke gebruik je en beargumenteer.
    • Hoe ziet je vector en expressiecassette eruit? Benoem elke component + korte uitleg.
    • Teken primers met gegeven RE sites (Bamh1 & EcoR1) om de CDS in een vector te kloneren. Kozak sequentie ook gegeven.
    • Welke wijzigingen zijn nodig om dit gen in een plantenvector te kloneren? Teken de vector en de expressiecassette.

23 januari 2019[]

  1. Geef de parameters die de betrouwbaarheid van PCR verlagen in de context van mutagenese + Leg PCR gebaseerde random en specifieke mutagenese uit. (Geen paginalimiet, maar de prof waarschuwde hier dat je goed moest opletten wat wel en niet bij deze vraag hoort).
  2. Bespreek en vergelijk BAC en cosmide klonering voor de aanmaak van genoombanken (dus al drie dingen bespreken). Hoe wordt de complexiteit van deze banken nagegaan? (formule Clark).
  3. Vraag Paeshuyse: Je werkt in een biotech bedrijfje en wordt aangesteld om een nieuw expressiesysteem te maken voor klonering van IgE antigen in CHO cellen (Chinese ovary, dus zoogdiercellen).
    1. welke expressiesysteem kies je en waarom
    2. geef een blokschema van de expressievector en verklaar elk element (zoals de oefeningen uit zijn werkzitting).
    3. welke aanpassing moet je doen om SV40 Ori te mogen gebruiken? (Cos cellen voor largeT gen) + wat is het voordeel van deze ori?
    4. geef een blokschema voor de expressievector als deze in een plantencel wordt gemaakt, verklaar elk onderdeel
  4. begrippen (telkens 1/3 pagina): CTAB voor plant DNA opzuivering, Taqman probe, controle van PET expressiesysteem (tekening + uitleg).
  5. Oefening: Zorg voor de ligatie van een ORF in een directionele vector zodat deze in frame zit en geen stopcodon meer heeft. Je krijgt de MCS van de vector die specifieke restrictieplaatsen en een 6HIS tag bevat, de sequentie van deze restrictieplaatsen, en de sequentie van de ORF.
    1. beschrijf elke stap die je doet
    2. geef de sequentie van de primers die passen in de PCR omstandigheden zoals jij ze beschrijft.

24 januari 2018[]

  1. Bespreek het pET en pBAD expressie systeem en vergelijk. Wat is belangrijk in een expressie systeem?
  2. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
  3. Cosmideklonering uitleggen voor het aanleggen van banken random DNA. + formules van Clark (N = ln(1-P)/ln(1-F) ) en geef hiervan de voorwaarden.
  4. CAPture techniek, Taqman probe en wat is aanwezig in een episomale(?) vector
  5. Vraag Paeshuyse:
  • Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
  • Teken de vector enzo.. (?)
  • Een promotor ontwerpen inclusief staarten etc.

1 September 2017[]

  1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
  2. Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
  3. Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
  4. Kort omschrijven
    • Definieer en bespreek CAPture techniek werking
    • Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
    • Bespreek het principe van Gateway klonering.
  5. Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
    • Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
    • Teken de vector enzo.. (?)

25 januari 2017 VM[]

  1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
  2. Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
  3. Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
  4. Kort omschrijven
    • DNA shuffleing
    • CAPture techniek werking
    • Principe van TOPO-gemedieerde klonering
  5. Oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6x10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gel. Hoeveel recombinanten moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
  6. Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets..

20 januari 2016[]

Lavigne

  1. Bespreek grondig factoren die betrouwbaarheid van PCR verbeteren en PCR-afgeleide technieken die voor verhoogde betrouwbaarheid zorgen.
  2. Wat zijn de voor- en nadelen van recombinante eiwitexpressie in gist? Wat zijn de kenmerken van PIC vectoren?
  3. Cosmideklonering uitleggen voor het aanleggen van banken random DNA.
  4. CTAB techniek voor isolatie van plant-DNA uitleggen
  5. Taqman probe uitleggen
  6. Welke vectoren voor recombinatie in gist zijn er?
  7. Oefening over inverse PCR: sequentie gegeven, leg uit en kies/beschrijf primers.

Volckaert

  1. Hogere zoutconcentratie zorgt voor een hogere/lagere/identieke smelttemperatuur en waarom?
  2. Welke (4) factoren beïnvloeden renaturatiekinetiek?
  3. PNA en LNA linken aan hybridisatie en mismatch-herkenning.
  4. Structuur en functie van guanidinium thiocyanaat en guanidinium isothiocyanaat.
  5. Wat is het verschil in de oxidatie van de fosforgroep tussen de fosforamidiet en fosfonaat-manier van nucleotidesynthese, en welke gevolgen heeft dit?
  6. Onderdelen van molecule aanduiden en functie van het molecule (fluorescine gebonden via linker aan reactieve groep)

20 januari 2015[]

Lavigne

  1. Bespreek PCR-gebaseerde gerichte en random mutagenese
  2. Bespreek cosmide- en P1 vectoren
  3. Bespreek capillaire sanger sequencing
  4. Bespreek:
    • CAPture techniek
    • URA3 merker
  5. Juist of fout vragen (5)
  6. Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

Volckaert

  1. Structuur en functie van guadinium thiocyanaat.
  2. Gebruik van niet-radioactieve detectie voor het detecteren van DNA hybridisatie met een probe met behulp van fusieproteïne streptavidine en alkalische fosfatase.
  3. Chemische synthese van oligonucleotiden waarbij het 5' uiteinde automatisch gefosforyleerd is. Waarom is dit belangrijk?
  4. Verschil in Tm van DNA- en LNA-oligonucleotiden bespreken indien gebruikt als probe voor hybridisatie of mismatch.
Advertisement