Je krijgt eerst 1 uur om de oefeningen op de computer uit te voeren. Iedereen heeft andere oefeningen, want je 1trekt een verschillende USB net voor het examen. Het praktisch examen is volledig open boek en je mag uw cursus meenemen en toledo gebruiken. Na het indienen van u praktisch deel, krijg je het schriftelijke, theoretisch examen.
VANAF 2023: Apart examen oefeningen in Mei, theorie-examen in juni.
ZIE OOK CHEMIKA WIKI, DAAR STAAT MEER OP
16/06/2023 (4 studiepunten)[]
Stelling over Clustal
Stelling over accuraatheid MSA
Laatste getal blossum50 matrix invullen (exact dezelfde dat als voorbeeldexamenvraag wordt gegeven in eerste les)
Juiste sequentie bij matrix vorige vraag
Gegeven een proteïne, wat is de 1 lettercode?
Gegeven een 1 lettercode voor een proteïne, kies het juiste proteïne
Stelling over homologe genen
Kies de meest parsimonous fyogenetische boom
Wat is het meest geschikt voor een geconserveerde alignering (blosum50, blosum250, pam50, pam250)
Stelling over moleculaire kloktheorie
Welke is correct
- stelling over anfinsen dogma
- Stelling over levinthal paradox
- Stelling over molten globule
Swissprot is de enige proteine databank (juist/fout)
Stelling over Expect value
Stelling over Chou Fasman
Dotplot gegeven, toont dit:
- Alignering van 2 identieke proteineseauenties
- Alignering 2 verschillende proteineseauenties
- Alignering 2 identieke dna sequenties
- Alignering 2 verschillende dna seauenties
Stelling over genduplicatie
- gene dosage
- Specialization
- Neofunctionalization
- Ortholoog
Stelling over wat waar is over PAM matrix
Stelling over waarde van het sterk geconserveerde tryptofaan op de PAM matrix
Stelling over verschil BLOSSUM en PAM
Stelling over lege kolom en rij needleman wunsch
Stelling over waarom Smith Waterman goed is voor lokale alignering
Stelling over, psiblast, phi en delta
Stelling over distance matrix
Stelling over Shanon entropy
Stelling over co-evolutie
Fylogenetische boom met procenten gegeven, wat is correct?
Fylogenetische boom gegeven, welke type boom is dit? (Cladogram,…)
8/06/2020[]
- Bespreek het CLUSTAL algoritme dat gebruikt wordt om multiple sequence alignment uit te voeren. Is dit een exact juist algoritme? Leg de stappen uit. Wat is het verband met fylogenetische analyse en evolutionaire afstand? Welke verbetering kunnen we doorvoeren om de eerste alignering te verbeteren? (10 ptn)
- Teken het tripeptide STW en duid de hoeken aan die van belang zijn voor de Ramachandran en de Rotameerplot. Waarvoor gebruiken we deze? (5 ptn)
- Bespreek de energievergelijking die opgenomen is in de Force Field. Bespreek zowel de gebonden als de ongebonden termen en leg uit waarvoor ze staan. (7 ptn)
- Juist en fout: (9 ptn)
- Maximum parsimony is de enige methode om een fylogenetische boom op te stellen die de relatie met de sequentie van de voorouder weergeeft.
- In een PDB-file kunnen enkel resultaten van experimenten (X-ray en NMR bijvoorbeeld) beschreven worden
- Wanneer we een BLAST uitvoeren met een database met minder sequenties, zal de E-waarde groter zijn dan wanneer we een BLAST uitvoeren t.o.v. een database met veel sequenties
- Bespreek de verschillen tussen PAM en BLOSUM. (5 ptn)
18/06/2018[]
1) PAM matrices, geef afleiding (12p)
2) trekvraag: contactmap (5pn)
3), 4), 5) = hetzelfde examen als 12/06/17
11/06/2018[]
1) Dynamic programming --> geef manier van global en local alignment
2) Trek vraag: dot plot (anderen hadden: Ramachandran, molecular clock theory ...)
3) Leg alle kolommen PDB uit + is dit door x-ray structuur of NMR structuur bekomen? + teken tripeptide
4) a) Blosum 90 is hetzelfde als PAM250, b) term hydrogen bonds is al in Van der Waals opgenomen, c) ...
5) Ik wil genoom virus met verschillende leesramen testen --> zijn er homologe proteïnen? Met welke methode ga je dit na (wees specifiek) en waarom?
19/06/2017[]
1) homollogy modelling
2) vraag trekken: gecorreleeerde evolutie
3) leg ramachandran en rotameer plot uit. Teken SYT en duid de relevante hoeken voor Y aan
4) a. Blosum250 vr sterk gerelateerde pro. B. TBlastX gebruik je best als je een pro seq. hebt en een stuk niet coderend DNA C. ...
5) welke manieren zijn er om een roothed tree te maken. Hoe doe je dat automatisch
12/06/2017[]
--> Vanaf dit jaar prof. A. Voet
1) PAM matrix, wat is het, waar voor wordt het gebruikt, hoe wordt het opgesteld? --> mondeling, bijvraag: welke twee aminozuren muteren heel weinig?
2) Afbeelding van entropy LOGO, bespreek de figuur --> trekvraag bij de prof
3) Bespreek het gegeven stuk van een PDB file: wat staat er in elke kolom, teken residu nummer x en duid de psi, phi, omega, chi1 en chi2 hoeken aan, waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt?
4) Juist of fout, motiveer. A) Bij een aligment met NJ of UPGMA wordt er standaard gebruik gemaakt van de sequentie similariteit. B) Bij elk FF moet de term met de waterstof binding krachten er bij staan. C) Je krijgt altijd maar 1 oplossing als je een aligment doet met het Needleman-Wunsh en Waterman-Smids algorithme.
5) Ik heb een nieuw genoom sequentie van het virus waarop ik onderzoek doe. Nu wil ik weten of er virussen zijn die de zelfde informatie dragen. Welk programma (specifiek) kan ik best gebruiken? Motiveer je antwoord.
06/06/2016 VM[]
1) (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.
2) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?
3) Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties?
4) Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?
5) Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft.
6) Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie.
7) Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?
extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)